PCR儀在生命科學及醫學研究實驗室中廣泛使用，熒光定量PCR實驗法的普遍應用不僅僅表現在基因擴增方面，在以下實驗中也發揮著重要作用。

一、分子生物學研究方面 
1、核酸定量分析 通過核酸的定量擴增，從而達到病原微生物分析檢測的目的。比如通過咽拭子采集樣本，進行樣本PCR擴增的方式定向分析檢測流感病毒等。
2、基因表達差異化分析 通過 熒光定量PCR法來比較經過不同樣本間的基因表達差異。為下游實驗提供充分的實驗數據。
3、SNP 檢測：熒光定量分析實驗中常用TaqMan探針法即針對DNA 貨RNA上不同SNP位點進行獨立的PCR引物設計和TaqMan探針設計 ，再進行熒光PCR擴增、熒光PCR分析從而判別單核苷酸的多態型對特定藥物的反應 ，或單堿基多型等差異研究。
4、甲基化檢測 基因中的甲基化通常會抑制基因表達所以與生物體的生長發育調控有著密切的關系。比如受甲基化影響所造成的腫瘤類疾病。而在 DNA修飾中通過去甲基化，在不改變基因序列的前提下，重新活化及基因表達，減少腫瘤細胞形成概率。通過電泳檢測MSP擴增產物，利用熒光應定量PCR 分析法對甲基化DNA鏈的引物片段進行PCR擴增可檢測到甲基化的存在位點。

 

二、醫學研究領域
在醫學研究方面熒光定量PCR常被應用在產前診斷，比如：醫學產檢過程中通過從孕婦的外周血液中分離出胎兒DNA， 用實時熒光定量PCR 的方法檢測染色體遺傳類疾病是產前遺傳病篩查的有效手段。另外，病原體檢測、藥效測試、腫瘤基因分析等方面也同樣離不開熒光定量PCR實驗分析法。